平贝母为早春植物，生育期短，出苗到枯萎仅60多天。平贝母受病害的影响很大，轻则缺苗减产，重则毁园绝收。危害平贝母的主要病害有锈病、灰霉病、菌核病、黄腐病。其防治方法如下：
1、锈病
锈病主要危害地上茎叶，五月上旬发病，叶背和茎基部出现锈黄色长圆形病堆，使茎叶枯萎，早期倒秧。病原孢子在枯枝残叶上越冬。砂质土、老贝母地、管理粗放、杂草多、不上盖头农家肥或施用未腐熟的农家肥的地块发病较重。
防治方法：
1.1 合理施肥增施磷钾肥 在贝母生长期间要追肥1—2次，第一次 在出苗后茎叶伸展时，每亩施硫酸铵10—15kg，第二次在开花前追过磷酸钙5—7.5 kg，或磷酸二氢钾5 kg。秋季床面施2—3cm厚的腐熟盖头农家肥。
1.2 及时除草、深埋残枝枯叶。
1.3 展叶后用 1：1：120倍波尔多液或800—1000倍甲基托布津每7—10天喷一次，连喷3—4次，进行预防。用代森锌1000倍喷雾，使叶的正面和背面全部喷到，可控制病害发生和危害。
2 灰霉病
灰霉病多发生于五月中下旬，发病叶或叶尖出长椭圆形水浸状病斑，此病成片发生，蔓延较快。一般在高温高湿、密度过大、通风不良情况下发病较重，受害植株呈水浸状软腐倒伏。
防治方法：
2.1 合理密植，及时除草，增施磷钾肥。
2.2 药剂防治 可采取以下一种药剂防治。喷洒代森铵600倍液；1：1：120倍波尔多液；粉锈宁500倍液；甲基托布津600倍液。
3、菌核病
俗称黑腐病，是危害贝母最严重的一种病害，能毁灭全园造成绝收。在贝母整个生育期和休眠期均可发生。发病初期地下鳞茎上面有红色小斑点，然后产生黑斑，以后整个鳞茎变黑，鳞茎表皮下形成米粒大小的黑色菌核；地上部分叶子反卷变黄，最后死掉。高温高湿，低洼积水是本病发生和蔓延扩大的重要条件。
防治方法：
3.1 栽有性繁殖的种苗。
3.2 严格检疫种栽，鳞茎有黑斑的不能作种栽。
3.3 病区换土，局部发病采用更换土壤的办法，发病面积较大时要另选地块用无病种栽重新种植。
3.4 实行轮作。
3.5 药剂防治，可用菌核净800倍液，甲基托布津500倍液，多菌灵500倍液防治。选择两种药剂交替使用，对土壤进行处理或灌根。
4 黄腐病
在贝母的生育期和休眼期均可发生，发病初期鳞茎有黄褐色病斑出现，后期鳞茎变软或腐烂。发病原因主要是选地不当，土壤沙性过大、干旱或低洼积水、夏季地温过高、施用生肥，这种病主要采取农业措施进行防治。
4.1 正确选地，及时防旱防涝。
4.2 农肥要充分腐熟，不施生肥。
4.3 早种遮阴作物，防止地温过高。